エルファバが魔法のほうきに乗り、魔法使いとマダム・モリブル、その手下の空飛ぶ猿たちから逃げる――続きが非常に気になる幕切れとなった『ウィキッド ふたりの魔女』。
パート2はミュージカルの第2幕と同様に、そこからしばらく経ったところからスタートすると考えられる。グリンダは「善い魔女」としてオズの人々に希望を与え、エルファバの妹・ネッサローズはマンチキン国の新たな統治者となる。
いっぽう、オズの魔法使いとマダム・モリブルはさらにエルファバを悪者に仕立て上げ、フィエロは彼女を見つけて助けるためにオズの魔法使いの警備隊長となる。そんななか、グリンダはフィエロとの婚約を発表。しかし、フィエロは密かにエルファバを支援し続けていた。
やがてエルファバが再び姿を現すのは、妹に会うためにマンチキン国へ戻ったとき。だが、ネッサローズは姉への怒りと恨みを露わにし、エルファバの善意はまたしても裏目に出てしまう。そして彼女は、「西の悪い魔女」としての運命を受け入れることに――オズの人々が求めてやまない“共通の敵”となることで、彼らの心をひとつにするために。
シンシアは、パート2に関して、エルファバとグリンダが「自分たちの下した決断を受け入れるストーリーになる」と、朝のTV番組『グッド・モーニング・アメリカ』で語っている。
「2人は別々の道を進まなければなりません。それは物語に影を落とし、彼女たちにとって厳しいものになりますが、同時に美しい道のりにもなると思います。2人が再び交わるかどうかは……私にもわかりません。ぜひ劇場で確かめてみてください」