アメリカのある町で、謎の寄生菌による感染症が発生した。感染は急拡大し、自我を失い凶暴化した感染者が町中で人々に襲いかかる事態になり、町は大混乱に陥る。主人公のジョエルは、愛娘のサラと2人で平穏に暮らしていたが、弟のトミーの助力で混乱する町からの脱出を図る。
ジョエルは偶然遭遇した軍の兵士に助けを求めるが、兵士は2人の感染を疑う上官の指示で発砲。ジョエルはとっさに銃撃を避け、そこに駆け付けたトミーが兵士を射殺した。ところが、サラが撃たれてしまい、そのままジョエルの腕の中で息絶えてしまう。
その後、寄生菌の感染症は世界中に拡大してパンデミックとなり、急速に増加していく感染者には軍隊でさえも容易に対抗できず、人間社会は崩壊していった…。
