Al igual que en los otros juegos de la serie, el jugador asume el papel de “El Presidente”, el líder de la nación caribeña de Tropico. De manera similar a Tropico 5, existen cuatro eras: la era colonial, la era de las guerras mundiales, la era de la guerra fría y la era moderna. A diferencia de los juegos anteriores de la serie, donde Tropico consistía en una sola isla, Tropico 6 permite a los jugadores construir en un archipiélago de islas más pequeñas, lo que permite a los jugadores construir puentes (en la era de las Guerras Mundiales y más adelante) desde su isla de partida hasta las otras islas de la cadena.Tropico 6 tiene ciudadanos «totalmente simulados», donde las acciones del gobierno de El Presidente hacia la ciudadanía podrían tener un efecto en la productividad y posiblemente incluso provocar una revuelta. Además de personalizar su propio El Presidente (ya sea masculino o femenino), los jugadores también pueden personalizar el palacio presidencial.6
