1945年(昭和20年)10月29日 戦犯としてフィリピンのマニラにて軍事裁判にかけられる。。12月7日に死刑判決を受けた。死刑判決後、米陸軍の法務将校からなる弁護団は、判決を不服としてフィリピン最高裁、アメリカ連邦最高裁判所に死刑執行の差止めと人身保護令の発出を求める請願を出した。しかし米最高裁は6対2の投票で請願を却下し、山下大将はマニラで絞首刑に処せられた。刑の執行は軍服の着用も許されず、囚人服のままで行われた.

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