グリアン軍の砲撃とアゲートの力の発動で、半壊してしまったクラスターE.A.。避難した生徒たちの中にベリルとフォンがいないことに気づき、二人を探そうとするエマだったが、軍によるアゲートの捜索が終わるまで生徒らを拘束すると言うベスビアによって阻まれてしまう。その頃、ベリルとフォンは、閉じ込められた作業小屋の地下室で発見したカールスがエマに遺した手紙を読んでしまう。そこには、アゲートの驚くべき秘密が綴られていた。
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