アゲートの強大な奇蹟の発動を目の当たりにした教師エマは、自身の気持ちの整理とアゲートの秘密を探るため、休暇を取って実家に帰省する。エマの実家は、人造兵の量産で財を成した兵器製造会社だった。封鎖されたはずの人造兵製造工場が最近稼動した事を知ったエマは、そこで秘密裏に訪れていた聖職者ルドウィヒと出会う。その頃、クロム率いるクロム団は、カールスが撃墜された軍港に襲撃をかけていた。そしてクロムは、人造兵製造に関わった人間たち全てを抹殺しようと、エマの実家の人造兵製造工場へと向かう……。
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