周囲に関わろうとせず「傍観者」であることを望む中学2年生の少年・天野雪輝は、見聞きした全てを携帯電話の日記に付けていた。友人と呼べるのは、自分の空想した人物、時空王「デウス・エクス・マキナ」と彼の小間使い「ムルムル」だけである。
ところがある日、自分がまだ体験していないはずの未来が日記に書かれるようになる。それは空想のはずのデウスの仕業だったのだ。未来を知ることで調子に乗り、有頂天になる雪輝。しかしその後、同じように「未来日記」を持つ人間が自分を含め12人いることと、その12人による次期時空王の座をかけた殺し合いのサバイバルゲーム（内容的にはバトルロワイアル戦に等しい）が開かれていることを知る。
1stとなった雪輝はクラスメイトの我妻由乃が同じく未来日記所有者の2ndであること、自分に対する異常な偏愛を持ったストーカーであることを知る。彼女の協力を経て、連続殺人犯である日記所有者3rd火山高夫に殺される予知（DEAD END）を覆し撃退するが、この「奇跡を超える奇跡」により、雪輝は、他の日記所有者から命を狙われることになる。そして、雪輝は、由乃や他の日記所有者、クラスメイトや警察官西島の協力を受けながら、この殺人ゲームに立ち向かっていく。
微睡(まどろ)みの淵で目蓋に揺蕩う
夢想の神は優雅に微笑み死を降し
時空を総べる因果の鎖は絡み出す
神の与えし空想 Program
さぁ eins zwei drei! 重なり合う
さぁ eins zwei drei! 死を躱して
消滅の遊戯に焦がれる奇跡を奪う Suvivalgame
螺旋のように
泡沫の未来書き換えるように
空想繋ぐ輪廻のノイズが鳴り渡る
時間は歪み因果の旋律は崩れ去る
神の与えし継承 Program
さぁ eins zwei drei! 連なり合う
さぁ eins zwei drei! 死を振り切って
消滅の遊戯に抗う奇跡に挑む Erasergame
夢幻のように
神の与えし機械(からくり) Program
さぁ eins zwei drei! 重なり合う
さぁ eins zwei drei! 死を躱して
eins zwei drei! 連なり合う
さぁ eins zwei drei! 死を振り切って
消滅の遊戯に焦がれる奇跡を奪う Suvivalgame
螺旋のように
哀憐(あいれん)なる傍観者
焦がれる生死よりも遠く
最果てにある箱庭で
終わりのない奇跡があると
信じていた
＃未来日記＃空想メソロギヰ＃妖精帝國