ニューヨーク・マンハッタンのオークションで、かつてゴッホが2番目に描き、第二次世界大戦時の芦屋空襲で焼失したとされる『ひまわり』の模写が出品された。その模写を3億ドルで落札したのは鈴木財閥の相談役である鈴木次郎吉だった。オークション終了後の記者会見で、次郎吉はゴッホの『ひまわり』を7つ全て集め、日本で「日本に憧れたひまわり展」を開催すると宣言し、『ひまわり』を守るための7人のサムライを紹介する。しかしその時、会場にキッドカードが撃ち込まれ、怪盗キッドが姿を現した。警備主任のチャーリーが追い詰めるも、キッドは閃光弾を放ち逃亡する。
次郎吉は突如その場に現れた工藤新一（に変装したキッド）や姪の鈴木園子及び7人のサムライ達を乗せて、「サンフラワージェット」で『ひまわり』を羽田空港へ輸送する。しかし、空港到着間際に貨物室の外に仕掛けられた爆弾が爆発して『ひまわり』が機外に吹き飛ぶと同時に火災が発生し、飛行機は操縦が効かなくなり機内はパニックに陥る。同時に、『ひまわり』を抱えて羽田空港上空を飛ぶキッドを発見したコナンは追跡を開始し、空港ビルの上にキッドが何も持たずに立っているのを発見するが、取り逃してしまう。しかしながら、飛行機は辛うじて空港との衝突を回避し、ビルの屋上でキッドが隠した『ひまわり』も発見され、学芸員の鑑定で損傷無しと確認されたので、改良された次郎吉の金庫「鉄狸改」に保管されることになった。
飛行機の爆破がキッドの仕業ではないかと囁かれる中、園子は「キッドは人殺しをするような人じゃない」と否定するが、チャーリーは「キッドは目的のためなら手段を選ばないテロリストだ」と取り合おうとしない。一方、コナンはこれまでのキッドの手口との違いなどから、「何らかの事情による犯行」なのか、それとも「偽者のキッドによる犯行」なのか、と考えを巡らせる
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