1980年代初頭に、宮崎駿が『海底世界一周』という企画でナディアのようなものを作ったが実現せず。宮崎は後に『天空の城ラピュタ』に転用し作品化した。
一方、元の企画そのものはNHKと東宝に残され、1980年代後半にこの『海底世界一周』を元にした企画案をNHKのプロデューサーがガイナックスに持ち込む。ガイナックス側スタッフはNHKからの企画案をベースに様々なアイディアを追加していき、その結果、本作品が生まれることとなった。
ただ原案は1870年、ジュール・ヴェルヌによるSF小説『海底二万里』および『神秘の島』とし、本アニメを作るにあたって指揮したのは庵野秀明、キャラクターデザインは貞本義行が務めた。

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